Чтобы добавить директории в чёрный список, нужно отредактировать в файле blacklist.filter:
/home/$USER/.SynologyDrive/data/session/1/conf/blacklist.filter
Секцию [Directory]:
[Directory]
black_name = "build", "__Previews", "%CUSTOM_DIR%"
Имена нужных директорий записываются в кавычках, через запятую.